Ele volta ao ambiente de O Nome da Rosa, seu período favorito, a Idade Média (uns 200 anos antes das aventuras do primeiro romance). A mesma época que lhe valeu a graduação universitária em estética (sobre Tomás de Aquino) e alguns dos seus ensaios do começo. A volta também é ao paese natal, Alessandria, no Piemonte, em que nasceu há 68 anos. É uma volta à infância, um Amarcord delirante protagonizado por um garoto local, o Baudolino do título, assim batizado por causa do padroeiro da cidade. Só que esse Baudolino nada tem de santo: ele é uma espécie de Macunaíma ou Pedro Malazartes à italiana: mentiroso, irreverente, boca suja.

   No final de 1966, Eco recebeu um livro de um historiador local, Storia degli alessandrini, e escreveu uma resenha a respeito, falando mal de sua terra, "uma cidade sem ideais e sem paixões... Os alessandrinos nunca se entusiasmaram por nenhuma virtude heróica". Mas essa rabujice toda some em Baudolino. Ali, na cidade que foi brevemente Cesarea, em honra à autoridade imperial, o desbocado e falante Baudolino, sem saber que estava diante do poderoso imperador Frederico Barbarruiva, conta a visão que teve do santo padroeiro, dizendo-lhe que não deveria haver resistência local ao exército de Frederico, o que obviamente convinha aos invasores. O imperador gosta tanto de Baudolino que resolve adotá-lo.

   E lá se vão os dois, Europa afora, com Baudolino produzindo mais e mais invenções de sua máquina de mentiras, entre outras coisas produzindo a mítica carta do Preste João, que falava de um reino fabuloso num Oriente remoto, governado por um monarca cristão. Muitos viajantes e aventureiros se entusiasmam com essa fábula, inclusive Marco Polo.

   Baudolino vai crescendo e, anos depois, Barbarruiva finge que vai para uma Cruzada e arma um grande exército, mas sua intenção verdadeira é chegar ao reino do Preste João. Morrerá na aventura, em circunstâncias estranhas, que só Baudolino conhece, mas ele continua a viagem por lugares cada vez mais esquisitos, nos quais vivem os monstros que povoaram o bestiário da Idade Média, bichos com um pé só, dragões, etc. Como Baudolino já está na idade, é claro que ele encontra uma garota única e vive aventuras com ela.

   A história de Baudolino é relatada a um historiador bizantino, Niceta Coniate, enquanto Constantinopla é dominada pelas chamas e os cruzados a saqueiam, marcando exatamente um fato essencial da história do período.

   Muito além do flashback, a história reserva boas surpresas, pois além de Baldolino ir percebendo coisas que não lhe ocorreram enquanto as vivia, ele se dirige para um final absolutamente inesperado.

   Desta vez, usando seu poder de narrar, Umberto Eco evita aquelas descrições eruditas que venceram nove em cada dez leitores de O Nome da Rosa. Assim, fatos como a canonização de Carlos Magno entram na ação naturalmente e , embora reais, parecem invenção de Eco. Baudolino não deixa de ser um romance enciclopédico com a marca de Eco: tem citações, bestiários, documentos oficiais e pastiches.

   Mistura de fantasia e realidade, as aventuras e a própria imaginação de Baudolino transformam-se numa mentira coletiva que, por sua vez , se tornam a história do tempo. Baudolino praticamente falsifica boa parte dos livros do Ocidente, escrevendo por exemplo as cartas entre Abelardo e Heloísa e textos atribuídos depois a Rabelais.